Lopšelis-darželis „Gilužis“, kaip Vilniaus lopšelis-darželis Nr. 144, buvo įsteigtas Vilniaus miesto tarybos 1992 m. gruodžio 30 d. potvarkiu Nr. 979. Vilniaus miesto savivaldybės 1998 m. liepos 15 d. tarybos sprendimu Nr. 225, lopšeliui-darželiui suteiktas „Gilužio“ vardas. 2001 m. ir 2018 m., siekiant užtikrinti ikimokyklinio ugdymo(si) prieinamumą, Vilniaus miesto savivaldybės sprendimu įsteigti du šios ugdymo įstaigos filialai.